VCF в CSV / Excel

Превратите VCF файл в таблицу, которая открывается в Excel и Google Таблицах.

или перетащите файл сюда

Подробнее

Что будет в таблице

  • chromosome, position — хромосома и позиция варианта.
  • rsid — идентификатор SNP, если он есть в VCF.
  • ref, alt — референсный и альтернативные аллели.
  • gt — генотип как в VCF, например 0/1.
  • genotype — тот же генотип в буквах, например A/G.

Как открыть в Excel

  • Подходят файлы .vcf и .vcf.gz. Берётся первый образец из файла.
  • Если всё оказалось в одной колонке: Данные → Из текстового/CSV-файла, разделитель — запятая.
  • Excel показывает не больше 1 048 576 строк. Полногеномный VCF длиннее — его удобнее открыть в Google Таблицах частями или в R/Python.

Зачем это нужно?

В таблице удобно найти свой генотип по rsID, отфильтровать хромосому или поделиться данными с врачом-генетиком без специальных программ.

Частые вопросы

Откроется ли таблица в Excel?

Да. Если всё оказалось в одной колонке, откройте файл через Данные → Из текстового/CSV-файла с разделителем «запятая». Excel показывает не больше 1 048 576 строк, поэтому полногеномный VCF удобнее открыть в R, Python или по частям.

Что означает колонка genotype?

Это генотип в буквах: например, 0/1 при REF A и ALT G превращается в A/G. Пропущенный аллель обозначается «-».

Какие файлы подходят?

Файлы .vcf и .vcf.gz, включая сжатые bgzip. Если в VCF несколько образцов, берётся первый.

Можно ли так открыть сырые данные AncestryDNA или MyHeritage?

Конвертировать их не нужно: эти файлы уже являются таблицами и открываются в Excel напрямую. Здесь обрабатываются только VCF.

Безопасно ли это?

Да. Файл обрабатывается прямо в вашем браузере, на вашем устройстве: он не отправляется на наш сервер и никому не передаётся. После закрытия вкладки ничего не сохраняется.

Другие инструменты

Куда загрузить результат — каталог сервисов